Si bien el Cementerio de Concepción recibió difuntos desde 1823, la edificación de su infraestructura definitiva partió en 1844. Para 1848 ya existía un reglamento que ordenaba el funcionamiento del camposanto. Para esa fecha, se mantenían conflictos con la Iglesia producto de los ingresos que ésta percibía de los derechos parroquiales sobre las defunciones, inscripciones y pases de sepultación.

A mediados del Siglo XIX el cementerio aún mantenía bajo tuición de la Iglesia Católica parte de su gestión, la que consideraba la emisión de las boletas de defunción y el pase que se emitía para el entierro de los difuntos en el panteón de la ciudad.

En la medida que los procedimientos en la administración y gestión del camposanto recaían en manos de civiles, interviniendo éstos en decisiones que escapaban a la autoridad eclesiástica, se generaban la mayoría de los conflictos.

Uno de los problemas, de los cuales hoy se sabe, se suscitó en 1848, cuando el Tesorero de Fondos Públicos ofició al obispo de la Diócesis para que entregara una lista de los curas semaneros encargados de extender boletas de defunción y pase al cementerio, a lo que el obispo de la época, Diego Antonio Elizondo, respondió que no entendía la razón de pedir los nombres, pues siempre ese trabajo se realizaba.

El tesorero, entonces, se dirigió al intendente indicándole que una de las razones por las que se solicitaba aquello de saber el nombre del cura que estaba de semana era "el evitar a los pobres de solemnidad el gran trabajo que hasta ahora han tenido, en buscarles, para que den el correspondiente V.B. a los boletos. Repetidas veces le ha ocupado inútilmente el día entero en este afán, sin haberle podido encontrar al cura semanal hasta el día siguiente y no pudiéndose dar por la oficina el correspondiente pase sin este requisito, resulta una demora mui perjudicial, tanto para el interesado como para la salud pública por la putrefacción de los cadáveres. Al mismo tiempo hacer ver al Reverendo Señor Obispo su ignorancia del fin porqué quería tener la oficina esta información...".

De este contexto, surge la explicación de porqué 18 boletas de defunción no llevaban el V.B. del cura semanero, lo que el obispo Elizondo quiso presentar como prueba de usurpación de los derechos parroquiales. Sobre lo anterior, el tesorero indicó en una carta posterior, "Sin decir nada del modo en que estas boletas cayeron en poder del Señor Obispo, observaré que catorce de ellas se refieren a cadáveres de soldados ó de su familia, quienes, estando calificados por las leyes como pobres de solemnidad, no deben pagar derecho alguno parroquial y nostante esto ha sido costumbre (a ecepción de mui poco tiempo airas) cobrárseles por los S.S. Curas, dos, tres, y cuatro reales por cada cadáver; en virtud de lo cual la oficina procedió de una vez á dar el pase al Panteón para evitar á estos pobres un pago que no les correspondía hacer".

En dicha carta, el tesorero continuó dando explicaciones por las cuatro boletas restantes, terminando la misiva en los términos siguientes: "Antes de concluir el presente informe, lo considero de mi deber hacer ver á U.S. la gran falta que hay del impuesto de un pequeño derecho parroquial para personas, cuyas entradas no les permite pagar el mínimo derecho de 5 pesos, según el Arancel, y el de dos pesos á estas Oficinas, en todo Siete pesos; y cuyo objeto es solo tener el gusto piadoso de enterrar los de su familia en ataúd, lo que no se puede verificar, sin el pago á lo menos de la cantidad ya citada. Si tal derecho hubiera, seria mui ventajoso para el Cura como también para los Fondos del Panteón; y muchas personas se librarían de la tentación de defraudar á ambos de los derechos legales. Tesorería Departamental, Concepción y Febrero 23 de 1848".

Ante el informe del tesorero, el obispo Elizondo se apresuró a contestar, esta vez en otro tenor, diciendo que ya había dado orden a los curas rectores del Sagrario para que se ciñeran a lo establecido en el art. 16, Cap. 1 del Reglamento del Cementerio.

Cabe destacar que, en el reglamento se contemplaba que los más menesterosos, denominados "pobres de solemnidad", eran aquellos que no pagaban y se conducían sin ataúd, situación que se remediaría más tarde.

Como podemos ver, la importancia de contar con un reglamento definitivo y de un presupuesto salido de arcas fiscales resultaba vital, ya que la falta de fondos retardaba cualquier adelanto que se quisiera hacer, debiendo estar todo sujeto a las determinaciones del Supremo Gobierno.

Es así que con fecha 10 de enero de 1844, tras una sucesión de decretos, oficios y cartas, se autorizó al Ejecutivo para que fijara, por cuatro años, los aranceles de los Cementerios Públicos, norma que regiría por varios años. A estos se sumó que, el 24 de enero del mismo año, se ordenó la creación de un proyecto de reglamento para el panteón de la ciudad de Concepción. Por último, dos años más tarde, el 22 de noviembre de 1846, fue promulgado dicho reglamento en conjunto con el de la Junta de Beneficencia de Concepción.

En la actualidad, la administración de los cementerios ya no está en las manos de ninguna entidad religiosa.